Už v roce 1884 se Mareš v článku O životní síle, uveřejněném
v Athenaeu, časopise redigovaném T. G. Masarykem, domnívá, že
věda, fyzika a chemie, nepostihuje vše a že při zkoumání života
zůstává něco, co věda postihnout není schopna. Nazývá to životní
silou, později vis vitalis, a chápe ji jako duchovního činitele,
jehož podstata je pro vědu nepoznatelná. Marešova kritika materialismu,
darwinismu a monismu byla vedena z neovitalistických pozic. Ukazuje
to jeho stať Mechanismus a mysticismus z roku 1897 i později
například rektorská inaugurační přednáška, kterou proslovil v
roce 1913, když byl na studijní rok 1913-14 zvolen rektorem pražské
české univerzity, a kterou vydal knižně v roce 1914 po názvem
Život - tvůrčí síla. Byl ve svých názorech ovlivněn Hansem Drieschem
a Henri Bergsonem, především pojmem účelnost ve vitalistickém
pojetí a obratem od smyslového intelektualismu k intuici. Byl
přesvědčen o metafyzické podstatě života, o entelechei jako zvláštním
autonomním dynamickém teleologickém činiteli, který vytváří rozdíl
mezi neživou a živou přírodou, tělem a duší. Ve své práci Idealism
a realism v přírodní vědě (1901) se Mareš přihlásil ke Kantovi,
přijímal jeho apriorismus, nesouhlasil však s Kantovým pojetím
věci o sobě. Přejal Schopenhauerův pojem vůle, který využíval
k obhajobě vitalistické teorie o přírodní účelnosti a o životní
síle. Nebyl však bezvýhradným stoupencem Schopenhauerovým, pokládal
Schopenhauerovu metafyziku slepé vůle za příliš naturalistickou
a jeho etiku za pesimistickou. Tvůrčí světovou vůlí rozuměl Mareš
křesťanského Boha, který Ježíšovým prostřednictvím vyzývá člověka
ke spolupráci na ütvoření říše Boží v lidstvu". Tento Marešův
spis, zejména jeho část věnovaná kritice Masarykova vztahu ke
Kantovi, zahájil v české filozofii spor o Kanta. Pro Mareše byl
novokantismus příležitostí k tomu, aby orientoval přírodní vědu
od kartezianismu a lockovského empirismu k humeovské skepsi a
Kantovu apriorismu.
V roce 1922 vyšla Marešova práce Pravda v citu. Vychází z toho,
že podle Mareše citem prožíváme živou pravdu a cítíme ji jako
všeobecně platný duchovní řád. Mareš odmítá racionalistický pozitivismus
a naivní realismus, který ve jménu vědecké pravdy hlásá humanitu
a mravnost, ale ve skutečnosti je bezcitný, bezduchý, bezmravný
a bezbožný a ohrožuje kulturu. Za jeden z největších omylů pokládá
intelektualismus, názor, že rozum a věda vede k poznání pravdy.
Kulturu nevytváří pouze racionální osvěta a věda, ale zejména
mravnost a umění a jejím základem je metafyzika a vrcholem náboženství,
ve kterém hledáme plnou pravdu. Vědeckou pravdu pokládá za podmíněnou,
relativní a sledující pouze omezený výsek reality. Nepostihuje
to, co zkušenost přesahuje, "co je transcendentní, nepodmíněné,
neproměnlivé, absolutní"2 Podle Mareše člověka nejvíce znepokojují právě
otázky metafyzické povahy. Sdílí Kantův názor, že metafyzika
jako věda není možná, protože na metafyzické otázky nelze odpovídat
exaktními metodami požívanými v přírodních vědách. Podstaty,
ani podstatu života nelze poznat vědeckým způsobem. Otázka podstaty
je úkolem filozofie, podstata se nám zjevuje zevnitř, její poznání
vychází z intuice. Ideu hledání pravdy v nitru člověka opírá
Mareš nejprve o karteziánskou jistotu myslícího já. Vědomí má
ovšem proměnlivý a rozmanitý obsah. Nejvýrazněji v něm vystupují
pocity, které vznikají na základě vnějších podnětů (barva, zvuk,
teplo, světlo apod.). Ty se vztahují k něčemu mimo vědomí a snaží
se zastínit ostatní obsahy vědomí. Ve vědomí je však podstatnější
složka, a tou je cit. Citem prožívám sebe sama jako duševní a
činnou bytost. Pojem zkušenosti má v Marešově filozofii významné
místo pro určení hranic vědeckého poznání. Věda je omezena na
lidskou zkušenost, dále její racionální schopnosti nesahají.
Věda poskytuje orientaci a užitečné vědomosti, ale nemůže řešit
otázky pravdy. Uznání existence vnějšího světa je věcí víry a
vůle, prokázat ji nelze. Výklad živé přírody působením životní
síly, nehmotného principu "vis vitalis", pochází z intuice a
citu. Mareš zavádí metafyzický pojem duše, který není dán ve
zkušenosti, který není totožný s vědomím, je to ontologický princip
existující mimo vědomí, do kterého pak výsledky duševní činnosti
vstupují. Duše má v lidském organismu stejnou roli jako entelechie
v živé přírodě, je to teleologický princip. Existenci duše sice
nelze empiricky a rozumově dokázat, lze ji však rozumově uznat,
protože se logicky odvozuje z toho, že celý obsah vědomí je vztažen
k subjektu. Sama činnost duše, která se děje v temnu bezvědomí,
pak vystupuje navenek v podobě vědomých duševních jevů.
Mareš problém pravdy neřeší pouze jako otázku noetickou, ale
jako otázku etickou. "Pravda stojí nad skutečností, nenalézá
se, nýbrž uznává a oceňuje v myslích."3 Kritériem této cesty k pravdě
není vnější svět, ale nitro člověka, jeho cit a intuice. Cesta
k hlubšímu poznání, k "nadfyzikálním", metafyzickým pravdám je
v pudové instinktivní činnosti, ve vnitřním bezprostředním zření
pravé skutečnosti. Cit je tedy na rozdíl od pocitu prostředek,
kterým člověk "cítí" (poznává) především existenci nadosobního,
obecně platného duchovního řádu, který je základem řádu mravního,
který ukládá člověku povinnosti, ale také umožňuje svobodné rozhodování.
Duchovní svět dává lidskému životu smysl a hodnotu, úkolem života
je tvořit hodnoty, kterými vývoj života postupuje nad člověka
a překonává podle Mareše "konečně bestii v člověku".
1 Předneseno na konferenci Aporie sensu: emotywizm czy racjonalizm?, pořádané Ústavem filozofie Slezské univerzity v Katovicích.
2 Mareš, F.: Pravda v citu. Praha 1922, s. 11.
3 Mareš, F.: Pravda nad skutečnost. Praha 1918, s. 125.