Faunus - a flexible framework for Monte Carlo simulation

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

STENQVIST Bjoern THURESSON Axel KURUT Anil VÁCHA Robert LUND Mikael

Rok publikování 2013
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Molecular Simulation
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/08927022.2013.828207#.UyrHqYV-n7M
Doi http://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.828207
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova Metropolis Monte Carlo; coarse graining; C plus plus scientific programming
Popis Faunus is a set of building blocks or statistical mechanical Lego' for constructing molecular simulation programs to study complex solutions, including proteins, polymers, salts, phospholipid membranes, surfaces and/or rigid macro-molecules. Current focus is on Metropolis Monte Carlo (MC) algorithms with support for anisotropic particles (multipolar, polarisable and sphero-cylindrical) and a flexible Hamiltonian. The design is inherently modular and it is trivial to extend functionality to cover new interaction potentials, geometries or moves. In this study, we present basic features, C++ design principles and review- selected applications. The latter includes splined pair potentials, two-dimensional parallel tempering of protein mixtures and MC swap moves for modelling ion-specific effects without ions.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.