Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky
Autoři

KOZLÍKOVÁ Barbora JURČÍK Adam BYŠKA Jan STRNAD Ondřej SOCHOR Jiří

Rok publikování 2014
Druh Článek ve sborníku
Konference EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Popis Analýza a vizualizace molekul a jejich strukturních vlastností umožňuje biochemikům a biologům lépe porozumět chování daného proteinu. Zkoumání těchto struktur v rámci molekulové dynamiky dále tyto znalosti prohlubuje. Článek prezentuje tři přístupy k animaci specifických cest uvnitř proteinu, nazývaných tunely. Tyto tunely umožnují průchod malých molekul, molekul vody a iontů skrz daný protein. Tunely slouží k lepšímu pochopení strukturně-funkčních vztahů proteinů a dále znalost jejich přítomnosti a vlastností pomáhá lépe navrhovat možné inhibitory. Naše nové metody jsou odvozeny z vybraných existujících reprezentaci tunel, kdy každá z nich je zaměřena na některé z důležitých vlastností tunelů - šířka, tvar, mapování fyziko-chemikálních vlastností, atd. Naše metody slouží k hladké animaci pohybu jednotlivých tunelů a umožňují pozorovat jejich změny v rámci dané simulace, jako je například jejich délka a tvar.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.