Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	DLUHOŠOVÁ Jana PÁTKOVÁ Lenka IŠTVÁNEK Jan SOLDÁNOVÁ Martina ŘEPKOVÁ Jana
Rok publikování	2014
Druh	Článek ve sborníku
Konference	XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova	Trifolium; clover; sequencing; NGS; SSR; PIC; diversity
Popis	Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučního byl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).
Související projekty:	Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností Partnerství a sítě pro spolupráci v experimentální biologii