Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	FILIPOVIČ Jiří PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch
Rok publikování	2016
Druh	Článek ve sborníku
Konference	Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference
Fakulta / Pracoviště MU	Ústav výpočetní techniky
Citace
Obor	Informatika
Klíčová slova	molecular metadynamics; RMSD; GPU acceleration
Přiložené soubory	ESM2016-1.pdf paper-rmsd.pdf
Popis	In this paper, we introduce GPU acceleration of RMSD approximation, which is computationally demanding task in molecular metadynamics. Comparing to tuned CPU implementation, we have reached 4.4x speedup using mid-end GPU. The scaling of our GPU implementation is sufficient to be usable in real-world application.
Související projekty:	Simulace komplexních systémů se zesíleným vzorkováním CERIT Scientific Cloud Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.