Study of red clover (Trifolium pratense L.) genes regulating nitrogen fixation and nodulation process
| Název česky | Studium genů jetele lučního (Trifolium pratense L.) podílejících se na fixaci dusíku a procesu nodulace |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2017 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Symbiotická fixace dusíku je mutualistický vztah mezi rostlinou a bakteriemi, ve kterém bakterie rostlině poskytují dusík uložený v organických sloučeninách a rostlina zásobuje bakterie uhlíkem a zdrojem energie. Nejznámější a nejdůležitější symbiotický vztah se vyskytuje mezi rostlinami z čeledi Fabaceae a bakteriemi rodu Rhizobacteria. Účinnost symbiotické fixace dusíku se liší jak mezi druhy, tak mezi samotnými jedinci jednoho druhu. Tento výzkum byl zaměřen na hledání asociací mezi úrovní fixace dusíku a příslušnými kandidátními geny pro navazující aplikaci ve šlechtění. Počítačová analýza zahrnovala in silico identifikaci 17 genů kontrolujících fixaci dusíku a proces nodulace (CLE12, CRE1, DMI3, DNF2, EFD, ERN, LYK3, NFP, NIN, NSP1, NSP2, PEN3, PHO2, PNO1, RDN1, SKL1, SUNN) a získání jejich sekvencí ze sekvenování M. truncatula, T. pratense a T. subterraneum pro mnohonásobné přiložení a hledání konzervovaných oblastí pro návrhy primerů. Stanovení schopnosti fixace dusíku bylo zjišťováno na velké populaci genotypů T. pratense pomocí redukce acetylenu nitrogenázovou aktivitou. Pro izolaci DNA a srovnávací analýzy pomocí systému obohacení Roche NimbleGen SeqCap EZ bylo použito 48 rostlin rozdělených do dvou skupin podle schopnosti fixovat dusík (odrůdy Start, Global, Columbia a Vltavín). Příslušné vychytané genové oblasti o celkové délce 100 kb byly dále sekvenovány pomocí Illumina MiSeq s pokrytím 2000x. Získaná data budou dále využita pro idetifikaci SNP a k asociačním studiím mezi kontrastními fenotypy T. pratense. |
| Související projekty: |