Study of red clover (Trifolium pratense L.) genes regulating nitrogen fixation and nodulation process

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Studium genů jetele lučního (Trifolium pratense L.) podílejících se na fixaci dusíku a procesu nodulace
Autoři

MACKOVÁ Eliška VLK David ŘEPKOVÁ Jana TRNĚNÝ Oldřich NEDĚLNÍK Jan JAKEŠOVÁ Hana NOVOTNÝ Petr BOROŇ Ján

Rok publikování 2017
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Symbiotická fixace dusíku je mutualistický vztah mezi rostlinou a bakteriemi, ve kterém bakterie rostlině poskytují dusík uložený v organických sloučeninách a rostlina zásobuje bakterie uhlíkem a zdrojem energie. Nejznámější a nejdůležitější symbiotický vztah se vyskytuje mezi rostlinami z čeledi Fabaceae a bakteriemi rodu Rhizobacteria. Účinnost symbiotické fixace dusíku se liší jak mezi druhy, tak mezi samotnými jedinci jednoho druhu. Tento výzkum byl zaměřen na hledání asociací mezi úrovní fixace dusíku a příslušnými kandidátními geny pro navazující aplikaci ve šlechtění. Počítačová analýza zahrnovala in silico identifikaci 17 genů kontrolujících fixaci dusíku a proces nodulace (CLE12, CRE1, DMI3, DNF2, EFD, ERN, LYK3, NFP, NIN, NSP1, NSP2, PEN3, PHO2, PNO1, RDN1, SKL1, SUNN) a získání jejich sekvencí ze sekvenování M. truncatula, T. pratense a T. subterraneum pro mnohonásobné přiložení a hledání konzervovaných oblastí pro návrhy primerů. Stanovení schopnosti fixace dusíku bylo zjišťováno na velké populaci genotypů T. pratense pomocí redukce acetylenu nitrogenázovou aktivitou. Pro izolaci DNA a srovnávací analýzy pomocí systému obohacení Roche NimbleGen SeqCap EZ bylo použito 48 rostlin rozdělených do dvou skupin podle schopnosti fixovat dusík (odrůdy Start, Global, Columbia a Vltavín). Příslušné vychytané genové oblasti o celkové délce 100 kb byly dále sekvenovány pomocí Illumina MiSeq s pokrytím 2000x. Získaná data budou dále využita pro idetifikaci SNP a k asociačním studiím mezi kontrastními fenotypy T. pratense.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.