Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2018 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Systém SNaPshot zahrnující několik metodických postupů (PCR, minisekvenační metoda prodloužení jedné báze - SBE, kapilární elektroforéza) je často využíván pro různé aplikace, jako jsou analýza jednonukleotidových polymorfizmů (SNP), metylační analýza nebo fingerprinting. Jedna SNaPshot assay umožňuje identifikovat až 55 SNPs napříč celým genomem. Lidský lektin vázající manózu (MBL) je jedním z mediátorů aktivace komplementu lektinovou cestou, a je tak součástí vrozené imunity. Kombinace alel genu mbl2 determinuje jeho stabilitu, oligomerní stav, schopnost vázat cukerné ligandy, interakci se serinovou proteázou MASP2 a koncentraci v cirkulaci, a to pravděpodobně ovlivňuje náchylnost k různým onemocněním i jejich progresi. Cílem naší studie je navrhnout a optimalizovat techniku využívající SNaPshot assay pro stanovení šesti SNPs v genu mbl2. Jedná se o tři SNPs v exonu 1 na pozicích 52, 54 a 57 (alely D, B a C), o dva SNPs v promotoru 1 na pozicích 550 (varianty H/L) a 221 (varianty X/Y) a o jeden SNP na pozici +4 v 5‘ nepřekládané oblasti (varianty P/Q). Výsledkem této studie bude zavedení originální metodiky, kterou porovnáme s jinými přístupy (sekvenační analýza, PCR s následnou restrikční analýzou). Bude hodnocena korelace koncentrace MBL v séru celkově zdravých osob v závislosti na jejich mbl2 genovém profilu. Technika SNaPshot bude dále využita pro genotypizaci pacientů s vybranými onemocněními dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitida, parodontitida, zubní kaz aj.) a zdravých kontrol k hlubšímu pochopení role MBL v patogenezi těchto onemocnění. |
| Související projekty: |
|