Study of karyotype structure and evolution in the genus Trifolium (Fabaceae)
| Název česky | Studium struktury a evoluce karyotypu rodu Trifolium (Fabaceae) |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2019 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Struktura a evoluce karyotypu byla v posledních několika desetiletích úspěšně studována u živočichů a člověka metodami jako proužkování chromozomů či později molekulárními technikami založenými na in situ hybridizaci sond (fluorescenční in situ hybridizace FISH, mnohobarevná M-FISH, spektrální karyotypování, atd.). Metody proužkování chromozomů, přestože jsou velmi rozšířené v cytogenetice lidí i zvířat, nemohou být využity při studiu karyotypu mnoha rostlinných druhů z důvodu uniformního vzoru pruhů (Schubert et al. 2001). Studium rostlinných karyotypů je tedy v mnoha případech závislé na cílení specifických DNA sekvencí hybridizačními technikami. Tato situace je ještě více komplikována skutečností, že z důvodu vysoké komplexnosti a velké frakce repetitivních elementů v genomech rostlin nelze jako sondy pro hybridizaci využít velké chromozomové úseky či celé chromozomy. Z tohoto důvodu cytogenetické analýzy u rostlin využívají syntetické oligonukleotidové knihovny (oligopaint FISH; Beliveau et al., 2012) a vysokokapacitní DNA vektory, jako jsou například umělé bakteriální chromozomy (bacterial artificial chromosomes, BACs). Využití BAC klonů umožnilo vývoj techniky zvané BAC-FISH, ve které se využívá jednoho nebo více BAC klonů obsahujících velké úseky DNA jako specifických sond (Shizuya et al., 1992). Tato technika byla následně modifikována k využití chromozomově specifických BAC klonů jako sond u blízko příbuzných druhů (komparativní malování chromozomů, comparative chromosome painting, CCP) a k značení velkých úseků chromozomů, jako například chromozomových ramének či celách chromozomů (malování chromozomů pomocí BAC, BAC-painting). BAC-painting byl jako první zaveden u čeledi Brassicaceae, přičemž Arabidopsis thaliana byla první rostlinou, ve které byly úspěšně „namalovány“ (Lysák et al., 2001; Pecinka et al., 2004). Dodnes je BAC-painting zaveden pouze v čeledi Brassicaceae a u Brachypodium (čeleď Poaceae) (Betekhtin et al., 2014). Cílem této práce je analyzovat karyotyp rodu Troflium, zemědělsky důležitého rodu z čeledi Fabaceae. V této práci bude rekonstruován karyotyp vybraných druhů rodu Trifolium s odlišným základním chromozomovým číslem (x = 8, 7, 6, 5) a s odlišnou úrovní ploidie. Tyto karyotypy budou porovnány za účelem identifikace mechanismu redukce počtu chromozomů a procesů doprovázejících alopolyploidizaci. Rovněž bude využita BAC knihovna Medicago truncatula k označení jednotlivých chromozomů rodu Trifolium za účelem zavést metodu BAC-painting v čeledi Fabaceae pro další aplikace a komparativní malování chromozomů. |
| Související projekty: |