Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky	Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
Autoři	KŘENEK Aleš HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TRAPL Dalibor SPIWOK Vojtěch
Rok publikování	2020
Druh	Článek ve sborníku
Konference	MODELLING AND SIMULATION 2020
Fakulta / Pracoviště MU	Ústav výpočetní techniky
Citace
www	program konference
Klíčová slova	metadyamic; protein folding; netural network
Popis	We introduce a novel computationally feasible method of exploring protein folding spaces, while working with- out any a priori knowledge of the space, hence over- coming a drawback of previous methods. Since our ap- proach uses random landmark structures without any guarantee of chemical or biological meaning, we use neu- ral networks to extract meaningful features to guide the simulation. The method is described in detail, and its implementation is publicly available. We demonstrate the feasibility of this approach by accelerating the fold- ing of the Trp-Cage miniprotein 20 times.
Související projekty:	Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX