Proteotypová klasifikace renálního karcinomu

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

BOUCHAL Pavel ŠIMONÍK Jan ŠTEFANÍK Richard BOUCHALOVÁ Pavla LAPČÍK Petr POTĚŠIL David PODHOREC Ján HORA Milan POPRACH Alexandr FIALA Ondřej

Rok publikování 2023
Druh Vyžádané přednášky
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Renální karcinom (RCC) představuje závažné onkologické onemocnění s celosvětově druhou nejvyšší incidencí v České republice. Molekulární prognostické a prediktivní biomarkery pro RCC jsou většinově nedostupné, především pak na proteinové úrovni. Pro kvantifikaci co největšího množství proteinů spojených s tumorigenezí RCC jsme vytvořili RCC-specifickou spektrální knihovnu cílených proteomických “assays“ pro 7960 proteinových skupin (FDR=1 %). Následně jsme použili hmotnostní spektrometrii s datově nezávislým sběrem dat (DIA-MS) na LC-MS systému QExactive HF-X pro analýzu velmi dobře charakterizovaného souboru metastatických RCC tumorů (tréninkový soubor n=53, validační soubor n=22) a přilehlých nenádorových tkání (n=17), z nichž část odpovídala a část neodpovídala na léčbu tyrosinkinázovými inhibitory (TKI). Identifikovali a validovali jsme proteinový biomarker specificky spojený se špatnou odpovědí na léčbu TKI, související rovněž s časem do dosažení nejlepší léčebné odpovědi a nesouvisející s nádorovým grade a dalšími klinickopatologickými parametry. Funkční analýzy s využitím CRISPR/Cas9 knockoutu potvrdily jeho souvislost s buněčnou migrací a invazivitou ve 2D a 3D prostředí. Podobná studie byla provedena také pro identifikaci proteinů souvisejících s relapsem lokalizovaného RCC a rovněž vedla k relevantním výsledkům. Lze shrnout, že proteomika nové generace založená na DIA-MS je vysoce výkonným nástrojem pro klasifikaci tkání RCC, umožňující identifikaci prognostických biomarkerů a alternativních terapeutických cílů. Podpořeno Ministerstvem zdravotnictví ČR, projekt č. NV19-08-00250, všechna práva vyhrazena. Podpořeno projektem Národní ústav pro výzkum rakoviny (Program EXCELES, ID Projekt č. LX22NPO5102) - Financováno Evropskou unií - Next Generation EU.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.