A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	TRANTÍREK Lukáš URBÁŠEK Milan ŠTEFL Richard FEIGON Juli SKLENÁŘ Vladimír
Rok publikování	2000
Druh	Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj	Journal of the American Chemical Society
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
Citace
Obor	Biochemie
Klíčová slova	residual dipolar coupling; helical parameter; principal order frame; DNA; RNA; NMR; structure
Popis	Helical parameters describing the base-stacking and base-pairing interactions in nucleic acids are not accessible directly from X-ray or NMR experimental data. Their values can be obtained only by the analysis of refined structures. This Communication presents a novel approach for direct determination of rotational helical parameters without a structure refinement. The METHADON (MEthod for deTermination of HelicAl parameters using Dipolar cOupliNgs) procedure is based on the Saupe order matrix analysis of at least five NMR residual dipolar couplings per base and takes advantage of the restricted mobility and rigid (and well-defined) geometry of purine and pyrimidine bases. The method is demonstrated on the DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG)
Související projekty:	Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu