Evolution and trans-species polymorphism of MHC class IIB genes in cyprinid fish

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Evoluce a transdruhový polymorfizmus MHC genů třídy IIB u kaprovitých ryb
Autoři

OTTOVÁ Eva ŠIMKOVÁ Andrea MARTIN Jean-Francois GOUY DE BELLOCQ Joelle GELNAR Milan ALLIENNE Jean-Francois MORAND Serge

Rok publikování 2005
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Fish and Shellfish Immunology
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Cyprinid species; MHC evolution; DAB genes; Diversifying and purifying selection; Molecular adaptation
Popis Polymorfizmus DAB genů kódujících MHC IIB byl studován u 11 druhů kaprovitých ryb ze střední Evropy. Druhy patří podčeledím: Cyprininae, Tincinae, Gogioninae a Leuciscinae. Vysoká alelická variabilita byla zaznamenaná u exonu 2, což indikuje extenzívní MHC polymorfizmus. Byly identifikovány dvě paralogní skupiny genů: DAB1 a DAB3, které byly rozlišeny na základě nukleotidových a jim korespondujících aminokyselinových sekvencí a rovněž na základě fylogenetických analýz parciálních sekvencí exonu 2 a exonu 3. Fylogenetická studie parciálního exonu 2 demonstrovala trans-druhový polymorfizmus, který se zdá být limitován na úroveň rybích podčeledí, tj. přítomnost alel určité alelické skupiny byla rozeznaná zejména u druhů stejné podčeledě a sdílení stejných alel nebo alel s podobnými motivy mezi druhy různých podčeledí bylo vzácné. Fylogenetická studie exonu 3 potvrdila podobnost se vztahy dříve zaznamenanými pro systematiku čeledě Cyprinidae. Specifické nukleotidy a aminokyseliny separovaly obě podčeledě a také i druhy v rámci podčeledě Cyprininae. U druhů podčeledě Leuciscinae nebyla zaznamenaná druhová segregace alel a naopak tyto druhy vykazovaly tendenci k sdílení podobného motivu v úseku odpovídajícímu exonu 3. Tyto výsledky mohou být vysvětleny vývojově starší disperzí a komplikovanější historií podčeledě Cyprininae v porovnání s mladší podčeledí Leuciscinae. Efekt selekce byl sledován na třech úrovních: (1) druh, (2) příbuzné skupiny lineages, (3) aminokyselinové pozice (amino-acid sites). Analýzy na všech úrovních detekovaly vliv pozitivní selekce balancing selection v případě exonu 2 a vliv negativní purifying selekce v případě exonu 3. Analýza mezi lineages indikovala pozitivní selekci ve většině větví fylogenetického stromu v případě exonu 2, což potvrzuje hypotézu trans-druhového polymorfizmu. Naopak v případě exonu 3 byla detekována opět negativní selekce. Navíc, výsledky navozují možnost sekundárního získaní funkce DAB1 skupiny genů, která nastala po genové duplikaci. Analýza amino-acid pozicí ukázala, že podstatná část pozic pod vlivem pozitivní selekce koresponduje s peptid vázajícími regiony (PBR), které se týkají alfa struktury proteinu. Odhad časové divergence potvrdil, že původ MHC je starší než proces speciace kaprovitých ryb, a že separace dvou paralogních skupin DAB1 a DAB3 předcházela separaci druhů do podčeledí.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.