Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

TESHIM Andrea TVRZOVÁ Ludmila SEDLÁČEK Ivo ŠEDO Ondrej ZDRÁHAL Zbyněk LEXA Matej

Rok publikování 2007
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Rod Aeromonas působí jako podmíněný patogen člověka, teplokrevných a hlavně studenokrevných živočichů. Je častým izolátem z humánního a veterinárního klinického materiálu. Taxonomie rodu se vyvíjí; dle současného systému klasifikace patří do čeledi Aeromonadaceae řádu Aeromonadales3. Rod vykazuje vysokou heterogenitu a genetickou proměnlivost, fenotypová diferenciace je obtížná. Validně bylo doposud popsáno 17 druhů aeromonád řazených do pěti skupin1. Metoda matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight2 hmotnostní spektrometrie je analytická technika identifikující markery bakteriálního proteomu. Je vhodná pro rychlou identifikaci spekter MALDI MS profilu, charakteristického v rámci rodu, druhu a kmene. Cílem práce byla optimalizace kultivace, přípravy vzorku a podmínek pro hmotnostní analýzu, následné stanovení MALDI-MS profilu rodu, vyhledání druhově a rodově specifických markerů a jejich využití k taxonomické diferenciaci. Z analýzy celobuněčných vzorků aeromonád byla získána hmotnostní spektra proteinových a peptidových markerů. Zpracování dat zahrnuje identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi spektry, shlukovou analýzu dat a klasifikaci vzorku. S využitím metody MALDI TOF jsme docílili jasných a rychlých výsledků diferenciace 45ti kmenů aeromonád zahrnujících referenční kmeny i izoláty z prostředí. Významným přínosem metody byla vnitrodruhová diferenciace kmenů a odlišení druhů fenotypově nerozlišitelných.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.