Analýza sigma 54 závislých promotorových oblastí Treponema pallidum.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Rok publikování 2007
Druh Článek ve sborníku
Konference XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova sigma 54 dependent promoters; Treponema pallidum.
Popis Spirocheta T. pallidum ssp. pallidum, mikroaerofilní obligátní lidský patogen, způsobuje pohlavně přenosné onemocnění syfilis, které napadá různé tkáně a orgány. Různá stádia syfilis a schopnost infikovat různé orgány pravděpodobně vyžaduje regulaci genové exprese. Studovali jsme funkci faktoru sigma 54 (RpoN) a jeho pozitivního regulátoru FhlA. Funkcí sigma faktoru je vazba RNA polymerázy k promotoru a zabránění nespecifické iniciace transkripce. Pro studium sigma 54 závislých promotorů byla použita analýza in silico, mapování promotorů pomocí PCR z cDNA (cDNA PCR) a transkripční fúze mezi predikovaným sigma 54 závislým promotorem a luxCDABE geny plazmidu pCS26, které slouží jako reportérový systém pro analýzu míry exprese. S využitím programu PromScan byly identifikovány sigma 54 závislé promotory v genomu T. p. pallidum Nichols. Tyto promotory se nacházejí před TP1038 (tpF1), TP1035 (valS), TP0105 (polA), TP0689 (kódující GTP vázající protein), tRNA Arg 5 (kódující tRNA), TP0324 (kódující hypotetický protein) a TP0816 (kódující hypotetický protein). Lokalizace predikovaného promotoru genu TP1038 byla potvrzena výsledky cDNA PCR. Pomocí QPCR nebo DNA čipů byla experimentálně potvrzena regulace genů TP0105 a TP1038 proteiny RpoN a FhlA. Promotory genů TP0105 (polA) a TP1038 (tpF1) byly naklonovány do vektoru pCS26 a vzniklé konstrukty byly transformovány rekombinantními plazmidy nesoucími geny rpoN a fhlA. U obou promotorů dochází za konstitutivní exprese genů rpoN a fhlA k signifikantnímu vzrůstu luminiscence oproti kontrolám. Uvedené výsledky tedy naznačují přítomnost sigma 54 závislých promotorů v genomu T. pallidum Nichols, které jsou lokalizovány přinejmenším před geny TP0105 a TP1038. K optimální funkci proteinů sigma 54 a FhlA dochází u E. coli za anaerobních podmínek, v kyselém pH a za přítomnosti kyseliny mravenčí. Experimenty s treponemálními geny rpoN a fhlA budou ještě provedeny za těchto podmínek.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.