Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Rok publikování 2007
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkového množství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získaná sekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.