THE USE OF MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY WHOLE CELL PROTEIN/PEPTIDE PROFILES FOR IDENTIFICATION OF AEROMONAS SPECIES
| Název česky | VYUŽITÍ MALDI-TOF HMOTNOSTNÍCH CELOBUNĚČNÝCH PROTEIN/PEPTIDOVÝCH PROFILŮ PŘI IDENTIFIKACI DRUHŮ RODU AEROMONAS |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2008 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací s měřením času za účasti matrice (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry, MALDI-MS) je rychlá, technicky jednoduchá analytická technika s vysokou citlivostí, vhodná pro určování molekulových hmotností biomolekul. V současnosti je tento moderní nástroj široce využíván v taxonomii mikroorganismů. Poskytuje hmotnostní spektra protein/peptidových profilů v širokém rozsahu m/z (molekulová hmotnost ku náboji), které reprezentují unikátní a vysoce reprodukovatelné otisky bakteriální buňky. Proteiny cytoplazmy a cytoplazmatické membrány vytváří 50% sušiny a jsou zastoupeny 200 - 6000 druhy molekul. Poskytují vysoce charakteristické markery s vysokou rozlišovací schopností, které jsou dostupné analýzou intaktních bakteriálních buněk. MALDI-MS profily jsou používány pro přímou identifikaci mikroorganismů, rychlý screening patogenů či jejich metabolických produktů a rozlišení kmenů ne- a citlivých na antibiotika. Rychlý screening je v diagnostice založen na porovnání získaného spektra s databází spekter odpovídajících mikroorganismů. Největší výhodou MALDI-MS je rychlost (analýza je možná bez předchozí separace, filtrace či narušení buněk) a možnost identifikace jak bakteriálních druhů, tak i diferenciace kmenů. Rod Aeromonas zahrnuje oportunní patogeny bezobratlých, studenokrevných i teplokrevných živočichů a člověka. Hlavními zdroji infekce jsou vodní prostředí s brakickou i chlorovanou vodou, taktéž potraviny. Enterotoxigenní a enteroinvazivní druhy u člověka způsobují střevní i mimostřevní infekce. Klasifikace aeromonád je často komplikovaná vzhledem k vysokému procentu shody sekvencí nukleových kyselin a fenotypické identitě některých druhů. Cílem naší studie bylo vyvinout spolehlivý protokol MALDI-MS analýzy rodu Aeromonas. Proces optimalizace vyloučil vliv kultivačního media, prodloužené kultivace a skladování zmraženého vzorku na výsledný MALDI-MS profil. Získali jsme reprodukovatelné výstupy analýzy 100 kmenů aeromonád. Hmotnostní data byla zpracována pomocí software vyvinutého na Fakultě informatiky a pomocí komerčního Biotyper software (BRUKER, Daltonics). Shluková analýza kmenů ukázala schopnost MALDI-MS rozlišit a klasifikovat kmeny na druhové i poddruhové úrovni a možnost rozlišit úzce příbuzné druhy, které jsou nerozlišitelné genotypizačními metodami a biotypizací. Metodu jsme již úspěšně aplikovali pro identifikaci druhů příbuzného rodu Pseudomonas. |
| Související projekty: |