Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ZOBANÍKOVÁ Marie MATĚJKOVÁ Petra STROUHAL Michal ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Rok publikování 2008
Druh Článek ve sborníku
Konference XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing
Popis Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.