Celogenomové restrikční mapování u zástupců rodu Treponema.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MIKALOVÁ Lenka ŠMAJS David

Rok publikování 2009
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Porovnání genomů 6 různých kmenů Treponema pallidum (T. p.) prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF) s referenčním genomem kmene Nichols (T. p. ssp. pallidum), hledání faktorů virulence a sekvenčních rozdílů v rámci jednotlivých kmenů, které lze použít v klinické diagnostice. Studované kmeny: T. p. ssp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. p. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. p. endemicum kmen Bosnia A a opičí izolát Fribourg-Blanc. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny poddruhu pertenue a pro opičí izolát Fribourg-Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny v např. podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg-Blanc. Příbuznost treponemálních genomů dosahuje až 99% shody. Rozdíly se nachází především v oblasti tpr genů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.