Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | syphilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum |
| Popis | Tři celogenomové sekvenační techniky byly použity pro sekvencování genomů kmenů Samoa D (1 139 330 bp), Gauthier (1 139 441 bp) a CDC-2 (1 139 744 bp) bakterie Treponema pallidum subsp. pertenue, původce yaws. Délka publikovaného genomu původce syfilis kmene Nichols je 1 138 011 bp. U kmene Samoa D byly navrženy otevřené čtecí rámce a anotovány geny s minimálním počtem 49 aminokyselin. Navržené ORFs (1088) byly porovnány s ORFs kmene Nichols (1039), pro 90 ORFs (hypotetických genů kmene Nichols) byla předpovězena funkce. Byly identifikovány 3 % ORFs s více než 10 aminokyselinovými (aa) změnami nebo indely, které by mohly mít vliv na rozdílnou klinickou manifestaci yaws a syfilis, např. geny TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968 lišící se mezi kmeny SamoaD a Nichols, ale identické na úrovni pertenue kmenů. Dále bylo identifikováno: 56 % ORFs identických u obou kmenů, 15 % lišících se délkou, 1 % ORFs má změnu čtecího rámce a 24 % ORFs má méně než 10 rozdílných aa. |
| Související projekty: |
|