Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Byl sekvencován genom T. pallidum ssp. pertenue (původce yaws) u kmenů Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) a Gauthier (1 139 441 bp) pomocí 3 celogenomových sekvenačních metod a Sangerova sekvencování, pro srovnání 1 138 011 bp je délka genomu u kmene Nichols (T. pallidum ssp. pertenue, původce syfilis). Oba poddruhy nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit. Navržené geny kmene Samoa D byly porovnány s geny kmene Nichols. Pro 90 genů (u kmene Nichols hypotetických) byla nově předpovězena funkce. Bylo zjištěno, že 56 % kóduje proteiny identické u obou kmenů a jen 3 % genů mají více než 10 aa změn nebo inzerce a delece. U nich bylo provedeno srovnání s ortologními geny dalších ssp. pertenue kmenů. Bylo nalezeno 9 identických genů na úrovni ssp. pertenue oproti výrazným rozdílům vůči ssp. pallidum. Většina těchto genů kóduje konzervované hypotetické proteiny. |
| Související projekty: |
|