CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří SZABÓ Tibor ZAMBORSKÝ Matúš
Rok publikování	2010
Druh	Článek ve sborníku
Konference	The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
Citace
Obor	Informatika
Klíčová slova	CAVER; CAVER Viewer; visualization; protein; channel; molecular dynamics
Popis	Tento článek popisuje možnosti aplikace CAVER Viewer, která se věnuje analýze a vizualizaci proteinových struktur. Právě díky specifické tvoří doplněk k již existujícím programům věnujícím se proteiovým strukturám. CAVER Viewer poskytuje rozhraní pro výpočet a analýzu tzv. tunelů v proteinech a zároveň obsahuje sadu tradičních i nových technik pro vizualizaci výsledků. Specifické struktury, které zkoumáme, jsou nazývany tunely. Jejich prozkoumání je umožněno spojením 3D zobrazení a dvoudimenzionální informace o tunelech v podobě grafových statistik. V porovnání s existujícími aplikacemi CAVER Viewer zpracovává rozsáhlé množiny dat reprezentující molekulovou dynamiku - pohyb a chování proteinu v čase.
Související projekty:	Centrum biokatalýzy a biotransformací Vizualice proteinových struktur