CAVER 2.1

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	BENEŠ Petr KOZLÍKOVÁ Barbora STRNAD Ondřej ŠUSTR Vilém CHOVANCOVÁ Eva PAVELKA Antonín BREZOVSKÝ Jan SZABÓ Tibor ZAMBORSKÝ Matúš SOCHOR Jiří DAMBORSKÝ Jiří BIEDERMANNOVÁ Lada
Rok publikování	2010
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Fakulta informatiky
www	http://decibel.fi.muni.cz/caver/
Popis	CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.
Související projekty:	Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace Centrum biokatalýzy a biotransformací Vizualice proteinových struktur Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity