Measurements of genomic GC content in plant genomes with flow cytometry: a test for reliability

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele
Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Měření genomického obsahu GC bazí v rostlinných genomech pomocí průtokové cytometrie: test věrohodnosti
Autoři

ŠMARDA Petr BUREŠ Petr ŠMERDA Jakub HOROVÁ Lucie

Rok publikování 2012
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj New Phytologist
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www stránka s abstraktem a pdf
Doi http://dx.doi.org/10.1111/j.1469-8137.2011.03942.x
Obor Botanika
Klíčová slova DNA base composition; flow cytometry; GC content; plant genomes; temperature DNA melting
Popis Znalost fylogenetického pattern a biologického významu bázového složení složení velkých eukaryotických genomů je nedostatečná. V posledním desetiletí se díky průtokové cytometrii (FCM) znalosti o bázovém (AT/GC) složení rostlinných genomů téměř zdvojnásobily. Nicméně přetrvává určitá nedůvěra týkající se spolehlivosti průtokové cytometrie ve vztahu k tomuto genomickému parametru. V naší práci jsme testovali spolehlivost FCM pro odhad genomického GC obsahu ve srovnání s biochemickou metodou analyzující teplotu tání DNA (TMA). Provedli jsme měření oběma metodami u 14 druhů rostlin pokrývajících maximálním rozsah v současné době známého obsahu GC u rostlinných genomů (33,6 až 47,5%). Také jsme analyzovali odhady obsahu GC v genomové sekvence s FCM v 11 druhů Oryza. FCM a TMA data spolu silně korelovala, a to i při poměrně širokém odhadu vazebné délky (3,39 - 4,09) uvažovaném pro bázově preferenční fluorochrom. Vysoká korelace byla zjištěna i mezi FCM a sekvenčními daty druhů rodu Oryza. Spolehlivost stanovení genomového obsahu bází pomocí průtokové cytometrie je srovnatelná s jinými alternativními metodami, a jeho širší uplatnění skýtá další prostor pro široký výzkum rostlinných genomů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.