Computational prediction of monosaccharide binding free energies to lectins with linear interaction energy models

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MISHRA Sushil Kumar SUND Johan AQVIST Johan KOČA Jaroslav

Rok publikování 2012
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Journal of Computational Chemistry
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23081/abstract
Doi http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23081
Obor Fyzikální chemie a teoretická chemie
Klíčová slova free energy; saccharides; linear interaction energy; molecular dynamics; Ralstonia solanacearum lectin; Pseudomonas aeruginosa lectin-II
Přiložené soubory
Popis The linear interaction energy (LIE) method to compute binding free energies is applied to lectin-monosaccharide complexes. Here, we calculate the binding free energies of monosaccharides to the Ralstonia solanacearum lectin (RSL) and the Pseudomonas aeruginosa lectin-II (PA-IIL). The standard LIE model performs very well for RSL, whereas the PA-IIL system, where ligand binding involves two calcium ions, presents a major challenge. To overcome this, we explore a new variant of the LIE model, where ligand–metal ion interactions are scaled separately. This model also predicts the saccharide binding preference of PA-IIL on mutation of the receptor, which may be useful for protein engineering of lectins.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.