Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2009
-
Unraveling a FNR-based regulatory circuit in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomic and bioinformatic approaches
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Use of whole-body gamma-ray spectrometry for the ascertainment of variations in the biological half-lives of sodium and bromide ions
Activation Analysis and Gamma-Spectroscopy, rok: 2009, počet stran: 2 s.
-
Whole-body gamma-ray spectrometry of 82Br and 24Na radionuclides: Simultaneous determination of excretion rates of bromide and sodium ions
2nd Asian Congress of Radiation Research, rok: 2009, počet stran: 2 s.
-
Yeast Mph1 helicase dissociates Rad51-made D-loops: implications for crossover control in mitotic recombination.
Genes Dev., rok: 2009, ročník: 23, vydání: 1
2008
-
<SUP>13</SUP>C CHEMICAL SHIFT TENSORS IN REGIOISOMERS OF <I>N</I>-SUBSTITUTED ADENINES
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
1H, 13C, and 15N Resonance Assignment of the N-terminal Domain of Mason-Pfizer Monkey Virus Capsid Protein, CA1-140.
Biomolecular NMr Assignments, rok: 2008, ročník: 2, vydání: 1
-
1-Oxoindan-2-yl and 1,3-dioxoindan-2-yl esters as photoremovable protecting groups
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, rok: 2008, ročník: 194, vydání: 1
-
31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.
Journal of Physical Chemistry B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 11
-
A label free piezoelectric immunosensor for rapid assay of Escherichia coli
Journal of Immunoassay and Immunochemistry, rok: 2008, ročník: 29, vydání: 1
-
Acidofilní sirné a železité bakterie v ekologii sulfidů.
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty