Informace o projektu
Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
- Kód projektu
- MSM0021622413
- Období řešení
- 1/2005 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Výzkumné záměry
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- Klíčová slova
- proteiny, vztah struktury a funkce proteinů, komplexy proteinů, proteom, metabolom
Návrh bezprostředně navazuje na předchozí výzkumný záměr "Strukturně funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu", řešený v letech 1998-2004, a zčásti i na projekt "Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul" v rámci programu "250" (1996-2000). Klíčovou součástí tohoto výzkumného záměru byla identifikace a charakterizace vybraných bakteriálních proteinů a nízkomolekulárních látek účastnících se metabolismu bakterií a hub. Nově navrhovaný záměr by měl jednak zahrnout i další proteiny z jiných typů organismů, např. živočišné proteiny vážící feromony, ale hlavním přínosem bude rozšíření předmětu zájmu na interakce proteinů s okolím. Řečeno jinak, hlavní inovací bude to, že předmětem zájmu budou komplexy proteinů. Při studiu funkce a regulace enzymů se zaměříme i na rozvoj metod monitorování jejich aktivity za podmínek in vivo analýzou intracelulárních metabolitů. Zapojení odborníků z oblasti instrumentální analytické chemie a experimentální organické chemie a fotochemie umožní neomezovat se na, z pohledu řady metod, „uživatelský přístup“, ale vyvíjet vlastní aktivity k dalšímu rozvoji a implementaci těchto technik v proteomice a metabolomice. Nový záměr bude moci stavět na instrumentální základně, kterou se v minulém období podařilo výrazně posílit. Např. v letech 2001-2002 bylo sdružením prostředků z fondu SZNN MŠMT, minulého výzkumného záměru a grantu GAČR vybudováno moderní pracoviště pro analýzu proteomu, zahrnující dvoudimenzionální elektroforézu, denzitometrii s analýzou obrazu a hmotnostní spektrometrii proteinů. Vynikající je také strukturní a počítačové zázemí projektu, a to jak z hlediska instrumentálního tak z hlediska lidských zdrojů. Výrazně byla inovována molekulárně biologická infrastruktura záměru (např. zřízena nová laboratoř pro studium interakce rostlin s patogeny). Těmito změnami se otevírá pole využití moderních metod genomiky, proteomiky a metabolomiky při akcentaci biochemického a strukturního pohledu na řešenou problematiku. Celková hodnota investičních zařízení, která budou v rámci řešení výzkumného záměru používána, přesahuje částku 100 mil. Kč. Investiční úsilí podávaného výzkumného záměru bude sledovat základní myšlenku udržet alespoň rámcově krok v oblasti instrumentace používané v té části současné moderní biochemie a strukturní biologie, která se zabývá proteiny. K základním cílům výzkumného záměru v oblasti personální bude udržet na fakultě mladé kvalitní výzkumné pracovníky, kteří buď byli fakultou vychováni či na fakultu přišli v rámci vládních programů na posílení výzkumu na vysokých školách či výzkumných center.
Publikace
Počet publikací: 836
2008
-
Lectin-like homologues of PA-IIL in Burkholderia cenocepacia
Summer course Glycoscienses-10th European Training Course on Carbohydrates, rok: 2008
-
Lectin-like homologues of PA-IIL in Burkholderia cenocepacia
23rd International Lectin Meeting Interlec-23, rok: 2008
-
Mechanism of Hydrogen Bond Array Isomerization in Tetrahydroxycalix[4]arene and Tetrahydroxythiacalix[4]arene
Journal of Physical Chemistry A, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 1
-
Microreaction in CE for drug metabolism studies (Lecture)
Proceeding of 16th International Conference "Analytical Methods and Human Health"., rok: 2008
-
Modulation of Enantioselectivity in Haloalkane Dehalogenase DbjA by Engineering of a Surface Loop
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Molecular anatomy of the recombination mediator function of Saccharomyces cerevisiae Rad52
J. Biol. Chem., rok: 2008, ročník: 18, vydání: 283
-
Molecular dynamics study of Pseudomonas eruginosa lectin-II complexed with monosaccharides
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, rok: 2008, ročník: 72, vydání: 1
-
Mus81/Mms4 nuclease and cleavage of replication/recombination intermediates
Rok: 2008, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Neutron activation analysis of the rat thyroid: Determination of the concentration ratio I/Br
Proceedings, 12th Workshop of Biochemists and Molecular Biologists, rok: 2008
-
NMR study of 5-substituted pyrazolo[3,4-c]pyridine derivatives
Magnetic Resonance in Chemistry, rok: 2008, ročník: 46, vydání: 7, DOI