Informace o projektu
Evolucne konzervované strukturní vlastnosti centromerické a telomerické DNA

Informace

Projekt nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA13-28310S

Období řešení

2/2013 - 12/2016

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D.

Spolupracující organizace

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Odpovědná osoba prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc.

Konformacní plasticita centromerické a telomerické DNA z Saccharomyces cerevisiae, Arabidoptis thaliana a Homo sapiens bude studována a charakterizována pomocí NMR a CD spektroskopie v závislosti na fyzikálne-chemických vlastnostech prostredí.
Tyto základní metody poskytnou informace o tvorbe a zastoupení nekanonických usporádání DNA v techto významných oblastech chromosomu, o kinetice jejich vzniku, o jejich strukture a stabilite. In-cell NMR spektroskopie bude použita pro charakterizaci nekanonických struktur DNA za fyziologických podmínek v komplexním prostredí živých bunek.

Publikace

Počet publikací: 8

2017

Clustered abasic lesions profoundly change the structure and stability of human telomeric G-quadruplexes

KEJNOVSKÁ Iva BEDNÁŘOVÁ Klára RENČIUK Daniel DVOŘÁKOVÁ Zuzana ŠKOLÁKOVÁ Petra TRANTÍREK Lukáš FIALA Radovan VORLÍČKOVÁ Michaela SAGI J.

Článek v odborném periodiku

Nucleic Acids Research, rok: 2017, ročník: 45, vydání: 8, DOI
G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression

RENCIUK D. RYNEŠ Jan KEJNOVSKA I. TRANTÍRKOVÁ Silvie ANDÄNG Michael TRANTÍREK Lukáš VORLICKOVA M.

Článek v odborném periodiku

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS, rok: 2017, ročník: 1860, vydání: 2, DOI
Structure of a Stable G-Hairpin

GAJARSKÝ Martin ZIVKOVIC Martina Lenarcic STADLBAUER Petr PAGANO Bruno FIALA Radovan AMATO Jussara TOMASKA L´ubomir ŠPONER Jiří PLAVEC Janez TRANTÍREK Lukáš

Článek v odborném periodiku

Journal of the American Chemical Society, rok: 2017, ročník: 139, vydání: 10, DOI

2016

Impact of nucleic acid self-alignment in a strong magnetic field on the interpretation of indirect spin–spin interactions

VAVRINSKÁ Andrea ZELINKA Jiří ŠEBERA Jakub SYCHROVSKÝ Vladimír FIALA Radovan BOELENS Rolf SKLENÁŘ Vladimír TRANTÍREK Lukáš

Článek v odborném periodiku

Journal of biomolecular NMR, rok: 2016, ročník: 64, vydání: 1, DOI

2015

Diverse effects of naturally occurring base lesions on the structure and stability of the human telomere DNA quadruplex

KAŠPAROVÁ Helena DVOŘÁKOVÁ Zuzana RENČIUK Daniel BEDNÁŘOVÁ Klára KEJNOVSKÁ Iva TRANTÍREK Lukáš VORLÍČKOVÁ Michaela SAGI Janos

Článek v odborném periodiku

Biochimie, rok: 2015, ročník: 118, vydání: Nov, DOI
Unique C. elegans telomeric overhang structures reveal the evolutionarily conserved properties of telomeric DNA

ŠKOLÁKOVÁ Petra TRANTÍRKOVÁ Silvie BEDNÁŘOVÁ Klára FIALA Radovan VORLÍČKOVÁ Michaela TRANTÍREK Lukáš

Článek v odborném periodiku

Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 9, DOI

2014

In-Cell NMR and EPR Spectroscopy of Biomacromolecules

HANSEL Robert LUH Laura M. CORBERSKI Ivan TRANTÍREK Lukáš DOTSCH Volker

Článek v odborném periodiku

Angewandte Chemie International Edition, rok: 2014, ročník: 53, vydání: 39, DOI
Triplex intermediates in folding of human telomeric quadruplexes probed by microsecond-scale molecular dynamics simulations

STADLBAUER Petr TRANTÍREK Lukáš CHEATHAM III. Thomas E. KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

Článek v odborném periodiku

Biochimie, rok: 2014, ročník: 105c, vydání: October, DOI