Informace o projektu
Towards the physical basis of lone-pair-pi interactions. Do lone-pair-pi interactions stabilize the structure of the Engrailed homeodomain? (Lone-pair-pi interactions)

Informace

Projekt nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA14-14654S

Období řešení

1/2014 - 12/2016

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD.

jsou zvláštní interakce stabilizující některé konformace nukleových kyselin (Z-DNA) a proteinů (homeodomény). Jejich fyzikální podstata není
zcela objasněna. Nedávno publikované výsledky naznačují, že interakce lone-pair-pi jsou komplikovanou funkcí vzájemné orientace obou
partnerů a že je současná silová pole nepopisují správně. Krystalové struktury poukazují na pravděpodobný význam interakcí lone-pair-pi při
specifické vazbě homeodomény Engrailed na sekvenci DNA. V tomto projektu budeme jednak teoreticky analyzovat fyzikální podstatu těchto
interakcí, jednak experimentálně prověříme jejich význam při vazbě homeodomény Engrailed na příslušnou sekvenci DNA.

Publikace

Počet publikací: 8

2018

Protein environment affects the water-tryptophan binding mode. MD, QM/MM, and NMR studies of engrailed homeodomain mutants

ŠPAČKOVÁ Naděžda TROŠANOVÁ Zuzana SEBESTA F. JANSEN Séverine BURDA J.V. SRB Pavel ZACHRDLA Milan ŽÍDEK Lukáš KOZELKA Jiří

Článek v odborném periodiku

Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2018, ročník: 20, vydání: 18, DOI
Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist

DUREC Matúš MAREK Radek KOZELKA Jiří

Článek v odborném periodiku

Chemistry - A European Journal, rok: 2018, ročník: 24, vydání: 22, DOI

2017

Anion-pi interactions in flavoproteins involve a substantial charge-transfer component

YURENKO Yevgen BAZZI Sophia MAREK Radek KOZELKA Jiří

Článek v odborném periodiku

Chemistry - A European Journal, rok: 2017, ročník: 23, vydání: 14, DOI
Lone pair–pi interactions in biological systems: occurrence, function, and physical origin

KOZELKA Jiří

Článek v odborném periodiku

European Biophysics Journal With Biophysics Letters, rok: 2017, ročník: 46, vydání: 8, DOI

2016

Lone-pair–pi interactions: analysis of the physical origin and biolological implications

NOVOTNÝ Jan BAZZI Sophia MAREK Radek KOZELKA Jiří

Článek v odborném periodiku

Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2016, ročník: 18, vydání: 28, DOI

2015

Asymmetric Bifurcated Halogen Bonds

NOVÁK Martin FOROUTANNEJAD Cina MAREK Radek

Článek v odborném periodiku

Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 9, DOI
MX2...YX2 bonding: A case study

BORA Pankaj Lochan MAREK Radek

Další prezentace na konferencích

Rok: 2015, druh: Další prezentace na konferencích
On the Non-Classical Contribution in Lone-Pair-pi Interaction: IQA perspective

BADRI Zahra FOROUTANNEJAD Cina KOZELKA Jiří MAREK Radek

Článek v odborném periodiku

Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 39, DOI