Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2010
-
Acquiarium: Free Software For Image Acquisition And Image Analysis In Cytometry
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
AIFM2 (apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 2)
Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology, rok: 2010, ročník: 5, vydání: 14, DOI
-
Alteration in mitochondrial superoxide production by shRNA gene silencing of AIF in various cell line
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Alteration in mitochondrial superoxide production by shRNA gene silencing of AIF in various cell lines
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Application of reverse transcription PCR and capillary electrophoresis in the analysis of T-cell receptor beta variable repertoire
Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010, rok: 2010
-
Automated spinning disk confocal microscopy in 3D live cell imaging
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
CytoPacq: A web-based toolbox for simulation of 3D cell imaging and quality control of related image analysis
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Dasatinib Promotes BIM Dependent Apoptosis Via MEK/ERK without Need for Permanent BCR-ABL Inhibition
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Dasatinib suppresses MEK/ERK pathway activity without sustained BCR-ABL inhibition and promotes BIM dependent apoptosis in chronic myeloid leukaemia cells.
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
Determination of pCrkL level in chronic myeloid leukaemia cells using flow cytometry
Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010, rok: 2010