Informace o projektu
Analýza a vizualizace proteinových struktur

Informace

Projekt nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GAP202/10/1435

Období řešení

1/2010 - 12/2012

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
Mgr. Tibor Szabó
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.
Mgr. Vilém Šustr
Mgr. Matúš Zamborský

Klíčová slova

vizualizace; virtuální reality; protein; molekulová dynamika

Spolupracující organizace

Západočeská univerzita v Plzni

Odpovědná osoba doc. Ing. Ivana Kolingerová, Dr.

V projektu budou vyvíjeny a testovány nové analytické metody pro bioechemický výzkum proteinů. U dynamických modelů proteinů budou zkoumány jejich geometrické vlastnosti s cílem nalezení a posouzení tunelů, které propojují aktivní místo uvnitř proteinu s jeho povrchem. Vlastnosti tunelů, jako je povrch, objem, délka apod. budou statisticky hodnoceny pro rozsáhlé soubory snímků získaných ze simulace dynamiky proteinů. Výsledky budou vizualizovány názorným způsobem, poskytujícím nové informace biochemikům. Metody se také zaměří na interakci malých molekul (ligantů) procházejících nadějným tunelem, v čase i prostoru. Metody budou začleněny do do nástroje CAVER (vyvinutého na MU), který je v současné době využíván biochemiky po celém světě. Projekt je pokračováním projektu GA201/07/0927 Vizualizace proteinových struktur, podporovaného v období 2007-2009.

Publikace

Počet publikací: 25

2015

Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks

BYŠKA Jan KOLINGEROVÁ Ivana KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří

Článek ve sborníku

31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, rok: 2015
Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins

JURČÍK Adam BYŠKA Jan SOCHOR Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

Článek ve sborníku

31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, rok: 2015

2014

CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures

KOZLÍKOVÁ Barbora ŠEBESTOVÁ Eva ŠUSTR Vilém BREZOVSKÝ Jan STRNAD Ondřej DANIEL Lukáš BEDNÁŘ David PAVELKA Antonín MANAK Martin BEZDĚKA Martin BENEŠ Petr KOTRY Matúš GORA Artur Wiktor DAMBORSKÝ Jiří SOCHOR Jiří

Článek v odborném periodiku

Bioinformatics, rok: 2014, ročník: 30, vydání: 18, DOI

2013

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

KOUDELÁKOVÁ Táňa CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk ŠEBESTOVÁ Eva HESSELER M. KHABIRI M. PLEVAKA M. KULIK D. KUTA SMATANOVA I. REZACOVA P. ETTRICH R. BORNSCHEUER U.T. DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

Angewandte Chemie International Edition, rok: 2013, ročník: 52, vydání: 7, DOI
Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil

NIHARIKA Neha MOSKALÍKOVÁ Hana KAUR Jasvinder SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
Real-time Visualization and Exploration of Protein Empty Space with Varying Parameters

STRNAD Ondřej KOZLÍKOVÁ Barbora ŠUSTR Vilém SOCHOR Jiří

Článek v odborném periodiku

International Journal on Advances in Life Sciences, rok: 2013, ročník: year 2013, vydání: vol. 5, no. 3 & 4
Real-time visualization of protein empty space with varying parameters

STRNAD Ondřej ŠUSTR Vilém KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří

Článek ve sborníku

Proceedings of Biotechno, rok: 2013
Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels

BREZOVSKÝ Jan ŠEBESTOVÁ Eva GORA Artur Wiktor PAVELKA Antonín BIEDERMANNOVÁ Lada DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

BIOTECHNOLOGY ADVANCES, rok: 2013, ročník: 31, vydání: 1, DOI
Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

KAUR Jasvinder MOSKALÍKOVÁ Hana NIHARIKA Neha SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

NIHARIKA Neha MOSKALÍKOVÁ Hana KAUR Jasvinder KHAN Fazlurrahman SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI