Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

ZOBANÍKOVÁ Marie STROUHAL Michal MATĚJKOVÁ Petra ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Rok publikování 2007
Druh Článek ve sborníku
Konference 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Pyrosequencing; comparative genome sequencing; Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D
Popis Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.