Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.

Investor logo

Warning

This publication doesn't include Faculty of Arts. It includes Faculty of Medicine. Official publication website can be found on muni.cz.
Title in English Comparison of Pyrosequencing and comparative genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D
Authors

ZOBANÍKOVÁ Marie STROUHAL Michal MATĚJKOVÁ Petra ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Year of publication 2007
Type Article in Proceedings
Conference 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty.
MU Faculty or unit

Faculty of Medicine

Citation
Field Genetics and molecular biology
Keywords Pyrosequencing; comparative genome sequencing; Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D
Description Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols.
Related projects:

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.