Mapování sekvenčních rozdílů u rodu Treponema.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Treponema pallidum; whole genome fingerprinting |
| Popis | Genomy 6 různých treponemálních kmenů (Treponema pallidum subsp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. pallidum subsp. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. pallidum subsp. endemicum kmen Bosnia A a dosud taxonomicky nezařazený opičí izolát Fribourg-Blanc) byly porovnávány prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF). Restrikční mapování sloužilo k vyhledání sekvenčních změn. Tyto změny byly sekvencovány Sangerovou metodou. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), přičemž počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny způsobující yaws a pro opičí izolát Fribourg Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny např. v podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg Blanc. Byla zjištěna vysoká příbuznost treponemálních genomů. Většina změn zasahovala do tpr genů a jejich těsné blízkosti. |
| Související projekty: |
|