Mapování sekvenčních rozdílů u rodu Treponema.

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Lékařskou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

MIKALOVÁ Lenka STROUHAL Michal MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ Petra ŠMAJS David WEINSTOCK G.M.

Rok publikování 2009
Druh Článek ve sborníku
Konference XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů.
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Treponema pallidum; whole genome fingerprinting
Popis Genomy 6 různých treponemálních kmenů (Treponema pallidum subsp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. pallidum subsp. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. pallidum subsp. endemicum kmen Bosnia A a dosud taxonomicky nezařazený opičí izolát Fribourg-Blanc) byly porovnávány prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF). Restrikční mapování sloužilo k vyhledání sekvenčních změn. Tyto změny byly sekvencovány Sangerovou metodou. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), přičemž počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny způsobující yaws a pro opičí izolát Fribourg Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny např. v podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg Blanc. Byla zjištěna vysoká příbuznost treponemálních genomů. Většina změn zasahovala do tpr genů a jejich těsné blízkosti.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.