E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes

• Autoři: ŠAFRÁNEK David; ČERVENÝ Jan; KLEMENT Matej; POSPÍŠILOVÁ Jana; BRIM Luboš; LAZÁR Dušan; NEDBAL Ladislav
• Rok publikování: 2011
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: BioSystems
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• www: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030326471000198X
• Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2010.10.013
• Obor: Informatika
• Klíčová slova: Biomodels repository; Computational models; Photosynthesis; Systems biology; Web platform
• Popis: Článek představuje novou verzi webového portálu e-photosynthesis.org pro počítačové modelování procesů fotosyntézy. Oproti minulé verzi je kompletně přebudováno jádro i rozhraní systému. Systém je nyní připraven pro obecnou strukturu diferenciálních modelů kompatibilních s formátem SBML. Rozhraní umožňuje registrovaným uživatelem modifikaci parametrů a tvorbu vlastních simulačních profilů. Vlastní simulace modelů je realizována prostřednictvím ODE solveru Octave a je presentována uživateli prostřednictvím grafického zobrazení simulovaných křivek.

Související projekty

• Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
• Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
• Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace