Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožňuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční gtenomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98,7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum.i). Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii). Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou (odlišných) onemocnění.iii) Předpovězené regulační geny T. pallidum budou individuálně naklonovány na malé, BAC kompatibilní plasmidy, a transformovány do všech 19 klonů knihovny. RNA izolována z těchto klonů bude porovnána s kontrolní RNA a regulační funkce klonovaných genů bude ověřena. Současně budou identifikovány kosmidové geny T. pallidum, jejichž exprese je ovlivněna těmito regulátory. Podobná regulace genové exprese je pravděpodobně asociována s podobnou funkcí takto regulovaných genů.

Publikace