Project information
Advanced sequencing methods for deciphering structural variants in cancer genome

Information

This project doesn't include Faculty of Arts. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.

Project Identification

NU21-08-00237

Project Period

5/2021 - 12/2025

Investor / Pogramme / Project type

Ministry of Health of the CR

Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
Subprogram 1 - standard

MU Faculty or unit

Central European Institute of Technology

Mgr. Karla Plevová, Ph.D.

Cooperating Organization

University Hospital Brno-Bohunice

Moderní metody sekvenování DNA umožňují podrobné mapování nádorového genomu a identifikaci lézí, na něž je možné cílit protinádorovou léčbu. Sekvenování pomocí dlouhého čtení dovoluje charakterizovat přestavby genomu, které je obtížné přesně určit pomocí standardních metod nádorové cytogenetiky. Ve skupině pacientů s hematoonkologickými diagnózami chceme využít nové sekvenační metody pro zjištění organizace genomu a rekurentních přestaveb s cílem pochopit mechanismy vzniku aberací a určit jejich význam pro klinický průběh nemoci a odpověď na léčbu.

Sustainable Development Goals

Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.

Publications

Total number of publications: 42

2024

Chromatin complexity in cancer: Unraveling the impact of complex structural variations in chronic lymphocytic leukemia

ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł ZÁVACKÁ Katarína STRÁNSKÁ Kamila ADAMOVÁ Sabina ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract
In-frame varianty genu TP53 nalezené v leukemických buňkách dospělých pacientů vedou ke ztrátě proteinu: mezinárodní studie

PAVLOVÁ Šárka GOMBÍKOVÁ Johana ŽENATOVÁ Marcela SKUHROVÁ FRANCOVÁ Hana ZAPLETALOVÁ Eva JEŽÍŠKOVÁ Ivana ČINÁTLOVÁ Klára MALČÍKOVÁ Jitka POSPÍŠILOVÁ Šárka

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract
Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie

ČERNOVSKÁ Karolína ADAMOVÁ S. SVATOŇ Jan PORC Jakub Paweł KAZDOVÁ Natálie ONDROUŠKOVÁ Eva TAUŠOVÁ Kristýna BOHÚNOVÁ M. RAUSCH T. PÁL Karol HYNŠT Jakub BENEŠ Vladimír POSPÍŠILOVÁ Šárka JAROŠOVÁ Marie KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract
STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE

ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł TAUŠOVÁ Kristýna ADAMOVÁ Sabina STRÁNSKÁ Kamila ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract
The non-canonical BAF chromatin remodeling complex is a novel target of spliceosome dysregulation in SF3B1-mutated chronic lymphocytic leukemia

HAGERSTRAND Daniel ODER Blaz CORTESE Diego QU Ying BINZER-PANCHAL Amrei OSTERHOLM Cecilia SANTOS Teresa Del Peso RABBANI Leily ASL Hassan Foroughi SKAFTASON Aron LJUNGSTROM Viktor LUNDHOLM August KOUTROUMANI Maria HAIDER Zahra JYLHA Cecilia MOLLSTEDT John MANSOURI Larry PLEVOVÁ Karla AGATHANGELIDIS Andreas SCARFO Lydia ARMAND Marine MUGGEN Alice F KAY Neil E SHANAFELT Tait ROSSI Davide ORRE Lukas M POSPÍŠILOVÁ Šárka BARYLYUK Konstantin DAVI Frederic VESTERLUND Mattias LANGERAK Anton W LEHTIO Janne GHIA Paolo STAMATOPOULOS Kostas SUTTON Lesley-Ann ROSENQUIST Richard

Article in Periodical

Leukemia, year: 2024, volume: 38, edition: 11, DOI
Vysokokapacitní cytogenomické metody pro analýzu komplexního karyotypu u chronické lymfocytární leukémie

ADAMOVÁ Sabina STRÁNSKÁ Kamila SVATOŇ Jan ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł ONDROUŠKOVÁ Eva KAZDOVÁ Natálie TAUŠOVÁ Kristýna BOHÚNOVÁ M. RAUSCH T. PÁL Karol HYNŠT Jakub BENEŠ Vladimír POSPÍŠILOVÁ Šárka KOTAŠKOVÁ Jana JAROŠOVÁ Marie PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract
VYUŽITÍ POKROČILÝCH GENOMICKÝCH METOD PRO ANALÝZU KOMPLEXNÍHO KARYOTYPU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE

ADAMOVÁ Sabina STRÁNSKÁ Kamila SVATOŇ Jan ČERNOVSKÁ Karolína PORC Jakub Paweł ONDROUŠKOVÁ Eva KAZDOVÁ Natálie TAUŠOVÁ Kristýna BOHÚNOVÁ Michaela RAUSCH T. PÁL Karol HYNŠT Jakub BENEŠ Vladimír POSPÍŠILOVÁ Šárka KOTAŠKOVÁ Jana JAROŠOVÁ Marie PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2024, type: Conference abstract

2023

A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

REIGL Tomáš PORC Jakub Paweł NAVRKALOVÁ Veronika HYNŠT Jakub PÁL Karol STRÁNSKÁ Kamila KOTAŠKOVÁ Jana POSPÍŠILOVÁ Šárka PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Application of long-read sequencing for detection of complex chromosomal rearrangements.

ADAMOVÁ Sabina STRÁNSKÁ Kamila SVATOŇ Jan BOHÚNOVÁ Michaela ONDROUŠKOVÁ Eva JAROŠOVÁ Marie ZÁVACKÁ Kristýna ČERNOVSKÁ Karolína KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract
Application of long-read sequencing in chronic lymphocytic leukemia cases with complex karyotype.

ADAMOVÁ Sabina ONDROUŠKOVÁ Eva SVATOŇ Jan JAROŠOVÁ Marie BOHÚNOVÁ Michaela PÁL Karol ČERNOVSKÁ Karolína ZÁVACKÁ Kristýna PORC Jakub Paweł KOTAŠKOVÁ Jana PLEVOVÁ Karla STRÁNSKÁ Kamila

Conference abstract

Year: 2023, type: Conference abstract