Analýza mikroRNA u pacientů s kolorektálním karcinomem s využitím sekvenování nové generace
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2015 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Východiska: Kolorektální karcinom (CRC) patří mezi nejčastější nádorová onemocnění v České republice a je druhou nejčastější příčinou nádorových úmrtí v západních zemích. Přestože v současné době existuje řada preventivních programů usilujících o snížení incidence a následně i mortality, nemá výskyt CRC dosud klesající tendenci a vyléčit se daří pouze 35-40 % nemocných. Hlavní příčinou těchto neuspokojivých výsledků je neexistence vhodných metod či biomarkerů pro diagnostiku časných stádií CRC, která jsou dobře léčitelná. Z těchto důvodů je nezbytné nalézt nové biomarkery, které by umožnily časnou detekci CRC a zároveň by byly vysoce specifické. Jedním z nejmodernějších přístupů molekulární charakterizace solidních nádorů je analýza mikroRNA (miRNA). MiRNA jsou krátké nekódující RNA, jež mají potenciál post transkripčně regulovat expresi až 50 % lidských genů. Hrají tak důležitou roli v mnoha biologických procesech, jakými jsou proliferace, buněčný cyklus, apoptóza či invazivita. Mnohé studie opakovaně prokázaly jejich deregulovanou expresi nejen v nádorové tkáni, ale rovněž v krevním séru či plazmě, což poukazuje na jejich možné využití pro časnou diagnostiku či určení prognózy a léčebné odpovědi pacientů s CRC. Soubor pacientů a metody: V rámci studie byla analyzována exprese miRNA u 3 párových vzorků nádorové tkáně a nenádorové střevní sliznice a dále u 45 sér od zdravých dárců a 45 sér od důkladně klinicky charakterizovaných pacientů s CRC s využitím sekvenování nové generace. Ze vzorků byla izolována celková RNA obohacená o frakci krátkých RNA (miRNeasy Serum/Plasma kit, Qiagen), byla změřena koncentrace a čistota získané RNA (NanoDrop ND-1000) a rovněž její kvalita (Agilent Bioanalyzer 2100). Získaná RNA byla zakoncentrována pomocí ethanolové precipitace a následně byla provedena ligace adaptorů, reverzní transkripce, PCR amplifikace a gelová purifikace (TruSeq Small RNA Sample Prep Kit, Illumina). Takto připravená DNA knihovna byla podrobena hlubokému sekvenování s využitím systému MiSeq (Illumina) a získaná data byla analyzována pomocí standardních i vícedimenzionálních biostatistických metod. Výsledky: Výsledky studie budou součástí sdělení. Závěr: Expresní profilování miRNA přítomných v krevním séru či plazmě patří mezi moderní přístupy identifikace biomarkerů pro časnou diagnózu nádorových onemocnění a určení prognózy či léčebné odpovědi pacientů. Sekvenování nové generace umožňuje nejen analýzu deregulovaných miRNA, ale též identifikaci nových miRNA a jejich izoforem. |
| Related projects: |