IDENTIFIKACE CIRKULUJÍCÍCH MIKRORNA S DIAGNOSTICKÝM A PROGNOSTICKÝM POTENCIÁLEM U PACIENTŮ S KOLOREKTÁLNÍM KARCINOMEM S VYUŽITÍM SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACE
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2016 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Východiska: Kolorektální karcinom (CRC) patří mezi nejčastější nádorová onemocnění v České republice a je druhou nejčastější příčinou nádorových úmrtí. Hlavním důvodem vysoké mortality je neexistence vhodných markerů pro časnou diagnostiku. Jedním z moderních přístupů molekulární charakterizace nádorů je analýza mikroRNA (miRNA). MiRNA jsou krátké nekódující RNA regulující post transkripčně genovou expresi. Mnohé studie prokázaly jejich deregulované hladiny nejen v nádorové tkáni, ale též v tělních tekutinách, což poukazuje na jejich možné využití pro časnou diagnostiku či určení prognózy a léčebné odpovědi pacientů s CRC. Soubor pacientů a metody: Exprese miRNA v krevním séru 96 zdravých dárců, 144 pacientů s CRC a 36 pacientů s polypy/adenomy byla analyzována pomocí sekvenování nové generace (NGS, MiSeq, Illumina). Ze vzorků byla izolována celková RNA obohacená o frakci krátkých RNA (miRNeasy Serum/Plasma kit, Qiagen), byla změřena koncentrace a čistota (NanoDrop ND-1000) a rovněž kvalita (Agilent Bioanalyzer 2100) získané RNA, která byla využita pro přípravu cDNA knihovny (TruSeq Small RNA Sample Prep Kit, Illumina), jež byla následně podrobena hlubokému sekvenování. Data byla analyzována pomocí standardních i vícedimenzionálních biostatistických metod. Vybrané miRNA byly dále validovány na nezávislém souboru 283 pacientů a 180 zdravých dárců pomocí RT-qPCR (QuantStudio, Applied Biosystems). Výsledky: Bylo identifikováno 54 miRNA s deregulovanou expresí v krevním séru pacientů s CRC. Zároveň bylo nalezeno 26 miRNA se signifikantně změněnými hladinami u pacientů s polypy či adenomy. Validační fáze potvrdila významně zvýšené hladiny miR 376c-3p, miR-27a-3p, miR-21-5p, miR-142-5p a miR 23a 3p v krevním séru pacientů s CRC v porovnání se zdravými dárci. Následně byl sestaven diagnostický panel miRNA (miR-23a-3p, miR 27a-3p, miR 142-5p, miR-376c-3p), na základě jehož exprese bylo možné odlišit CRC pacienty od zdravých dárců se senzitivitou 89 % a specificitou 81 % (AUC = 0,922). Zároveň byl sestaven prognostický panel miRNA (miR-23a-3p, miR-376c-3p) s jehož využitím bylo možné stanovit prognózu pacientů nezávisle na klinickém stádiu onemocnění (HR 2,3; 95% CI 1,44-3,66; P < 0,0004). Závěr: Expresní profilování cirkulujících miRNA patří mezi moderní přístupy identifikace biomarkerů pro časnou diagnostiku nádorových onemocnění a určení prognózy či léčebné odpovědi pacientů. Sekvenování nové generace umožňuje nejen analýzu deregulovaných miRNA, ale též identifikaci nových miRNA a jejich izoforem. |
| Related projects: |