Proteomické přístupy ve vyhledávání biomarkerů a molekulární klasifikaci nádorů prsu
| Title in English | Proteomics approaches in biomarker discovery and molecular classification of breast cancer |
|---|---|
| Authors | |
| Year of publication | 2014 |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Description | Nádory prsu jsou nejčastějším typem nádoru u žen. Současné diagnostické přístupy však stále vykazují nedokonalosti při určení rizika metastazování u skupiny luminal A, kdy malá část pacientek vykazuje v rozporu s teoretickou prognózou časné uzlinové metastáze. V našem projektu se snažíme identifikovat, validovat a charakterizovat specifické proteiny, mechanismy a metastatické molekulární portréty, které by byly použitelné v identifikaci pacientek s vyšším rizikem metastazování, a to na bázi proteomiky. V první fázi projektu jsme se zaměřili na vyhledávání prometastatických cílů v souboru 96 charakterizovaných nádorů prsu zahrnujícího stratifikaci vzorků podle grade, exprese hormonálních receptorů a stavu lymfatických uzlin. Primární proteomická studie byla založena na metodice zahrnující štěpení komplexních lyzátů trypsinem, značení peptidů isobarickými značkami (iTRAQ), separaci peptidů dvourozměrnou kapalinovou chromatografií a identifikaci a kvantifikaci proteinů na bázi vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS). Soubor 95 vybraných genů pak byl profilován na transkriptové úrovni. Statistika zahrnující Spearmanovu korelaci odhalila dva klastry související se stavem lymfatických uzlin u low garde karcinomů. Sada proteinů, změny jejichž exprese byly potvrzeny na proteinové i transkriptové úrovni, byla dále validována pomocí imunohistochemie. V další fázi výzkumného programu se zaměřujeme na klinickou validaci a funkční charakterizaci identifikovaných proteinů zejména ve vztahu k buněčné migraci a invazivitě a studium prometastatických mechanismů na molekulární úrovni. V rámci přednášky bude rovněž poskytnut přehled o nejnovějších proteomických metodách využitelných v dané oblasti výzkumu. Naše výsledky potvrzují, že molekulární mechanismy metastazování u low-grade karcinomů prsu zahrnují aktivaci proteolýzy, NF-?B dráhy, změny v cytoskeletálních a adhezních proteinech a liší se od mechanismů známých u high-grade karcinomů. Práce je podporována projektem GAČR č. 14-19250S a Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101). |
| Related projects: |