Rozlišení osmi druhů parazitických hlístic rodu Trichinella s využitím High Resolution Melting (HRM) analýzy
| Authors | |
|---|---|
| Year of publication | 2018 |
| Type | Conference abstract |
| MU Faculty or unit | |
| Citation | |
| Attached files | |
| Description | Hlístice rodu Trichinella(kmen Nematoda), patří mezi celosvětově rozšířené parazity tenkého střeva a buněk příčně pruhované kosterní svaloviny. Napadají více než sto druhů hostitelů, mezi kterými jsou zastoupeni savci, plazi i draví ptáci. Mnozí zástupci rodu Trichinella jsou původci zoonóz, přičemž u člověka způsobují závažné onemocnění nazývané trichinelóza, které bylo doposud dokumentováno v 55 zemích světa. Obecně se zástupci rodu Trichinella dělí do dvou morfologických skupin podle schopnosti svalových larev vytvářet kolem sebe kolagenní pouzdro. Silné pouzdro tvoří šest druhů (T1 – T. spiralis, T2 - T. nativa, T3 - T. britovi, T5 - T. murrelli, T7 - T. nelsoni, T12 - T. patagoniensis) a tři další taxonomicky nedefinované genotypy (T6, T8 a T9). Tři druhy (T4 - T. pseudospiralis, T10 - T. papuae a T11 - T. zimbabwensis) toto pouzdro netvoří. Kromě rozdílů ve velikosti a v tvorbě kolagenních pouzder jsou jednotlivé druhy těchto hlístic morfologicky téměř nerozlišitelné. Cílem práce bylo vyvinout metodu umožňující rozlišení jednotlivých druhů parazitických hlístic rodu Trichinella. K tomuto účelu byla zvolena High resolution melting (HRM) analýza – jednoduchá, rychlá a spolehlivá metoda sloužící k detekci genetické variability amplifikovaných DNA fragmentů bez nutnosti sekvenace. Pro analýzu byl zvolen úsek mitochondriálního genu kódující podjednotku I oxidázy cytochromu C (COI), vyznačující se požadovanou konzervovaností nukleotidové sekvence v rámci druhu a zároveň variabilitou mezi blízce příbuznými druhy hlístic. Testováno bylo celkem 37 vzorků DNA – 33 vzorků izolovaných ze svalových larev hlístic referenčních druhů (T. spiralis ISS3, T. nativaISS10, T. britovi ISS2, T. pseudospiralis ISS13; ISS588, T. nelsoni ISS37, T. murrelli ISS35, T. papuae ISS572 a T. zimbabwensis ISS1029) a 4 „slepé“ vzorky získané z přírodní infekce prasete divokého. Výstupem naší studie jsou druhově specifické křivky s konfidenčními intervaly vytvořené z křivek teplot tání DNA referenčních vzorků, které svým charakteristickým průběhem a tvarem umožňují jednoznačné odlišení osmi druhů hlístic rodu Trichinella. Všechny „slepé“ vzorky byly na základě vytvořených konfidenčních intervalů určeny jako T. britovi. |
| Related projects: |