Project information
Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
- Project Identification
- GA15-11089S
- Project Period
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Současné problémy mezioborové disciplíny výpočetní systémové biologie vyžadují nasazení pokročilých nástrojů informatiky, zejména formálních metod. Tento fakt je motivován potřebou výpočetní analýzy těžko predikovatelných emergentních chování komplexních biologických systémů. Odhad kinetických konstant a jiných parametrů modelu tvoří nedílnou součást typického výzkumu v systémové biologii. Přímé měření parametrů pomocí tzv. mokrých experimentů je často obtížné nebo dokonce i nemožné. Navrhovaný projekt si klade za cíl vyvinout zcela nové automatizované techniky pro odhadování parametrů, které jsou založeny na vyladění modelu pro zadanou hypotézu formulovanou v temporální logice. Navrhovaný přístup staví na využití metody ověřování modelů, která je využivána pro formální verifikaci počítačových systémů. Velký důraz bude kladen i na dosažení škálovatelnosti pomocí paralelních algoritmů.
Publications
Total number of publications: 36
2016
-
Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
Year: 2016, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016., year: 2016
-
E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
Year: 2016
-
Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL
The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015, year: 2016
-
High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016., year: 2016
-
LTL Parameter Synthesis of Parametric Timed Automata
Software Engineering and Formal Methods - 14th International Conference, SEFM 2016., year: 2016
-
Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems
Automated Technology for Verification and Analysis. ATVA 2016, year: 2016
-
PRISM-PSY: Precise GPU-Accelerated Parameter Synthesis for Stochastic Systems
22nd International Conference, TACAS 2016, year: 2016
-
Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
Hybrid Systems Biology. HSB 2016, year: 2016
2015
-
Adaptive Aggregation of Markov Chains: Quantitative Analysis of Chemical Reaction Networks
27th International Conference, CAV 2015, San Francisco, CA, USA, July 18-24, 2015, Proceedings, year: 2015