Project information
Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
- Project Identification
- GA15-11089S
- Project Period
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Současné problémy mezioborové disciplíny výpočetní systémové biologie vyžadují nasazení pokročilých nástrojů informatiky, zejména formálních metod. Tento fakt je motivován potřebou výpočetní analýzy těžko predikovatelných emergentních chování komplexních biologických systémů. Odhad kinetických konstant a jiných parametrů modelu tvoří nedílnou součást typického výzkumu v systémové biologii. Přímé měření parametrů pomocí tzv. mokrých experimentů je často obtížné nebo dokonce i nemožné. Navrhovaný projekt si klade za cíl vyvinout zcela nové automatizované techniky pro odhadování parametrů, které jsou založeny na vyladění modelu pro zadanou hypotézu formulovanou v temporální logice. Navrhovaný přístup staví na využití metody ověřování modelů, která je využivána pro formální verifikaci počítačových systémů. Velký důraz bude kladen i na dosažení škálovatelnosti pomocí paralelních algoritmů.
Publications
Total number of publications: 36
2015
-
Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
Year: 2015, type: Conference abstract
-
Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology
Year: 2015, type: Workshop
-
High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems
Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers, year: 2015
-
Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers
Year: 2015, type:
-
Language Emptiness of Continuous-Time Parametric Timed Automata
Automata, Languages, and Programming, year: 2015
-
Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking
Computational Methods in Systems Biology, year: 2015