Informace o projektu
Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema
- Kód projektu
- GAP302/12/0574
- Období řešení
- 1/2012 - 12/2016
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Lékařská fakulta
Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.
Publikace
Počet publikací: 19
2014
-
Syphilis-causing strains belong to separate SS14-like or Nichols-like groups as defined by multilocus analysis of 19 Treponema pallidum strains
International Journal of Medical Microbiology, rok: 2014, ročník: 304, vydání: 5-6, DOI
-
The Molecular Typing Data of Recently Identified Subtype 11q/j of Treponema pallidum subsp. pallidum Suggest Imported Case of Yaws.
Sexually transmitted diseases, rok: 2014, ročník: 41, vydání: 9
-
Whole Genome Sequence of the Treponema pallidum subsp. endemicum Strain Bosnia A: The Genome Is Related to Yaws Treponemes but Contains Few Loci Similar to Syphilis Treponemes
PLoS neglected tropical diseases, rok: 2014, ročník: 8, vydání: 11, DOI
2013
-
Comparison of CDC and sequence-based molecular typing of syphilis treponemes: tpr and arp loci are variable in multiple samples from the same patient
BMC Microbiology, rok: 2013, ročník: 13, vydání: 178, DOI
-
Is there a difference between hare syphilis and rabbit syphilis? Cross infection experiments between rabbits and hares
Veterinary Microbiology, rok: 2013, ročník: 164, vydání: 1-2, DOI
-
Resequencing of Treponema pallidum ssp. pallidum Strains Nichols and SS14: Correction of Sequencing Errors Resulted in Increased Separation of Syphilis Treponeme Subclusters
PloS ONE, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 9, DOI
-
Structure of rrn operons in pathogenic noncultivable treponemes: sequence but not genomic position of intergenic spacers correlates with classification of Treponema pallidum and Treponema paraluiscuniculi strains
Journal of Medical Microbiology, rok: 2013, ročník: 62, vydání: 2, DOI
-
Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies
PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2013, ročník: 7, vydání: 4, DOI
2012
-
Whole Genome Sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum, Strain Mexico A, Suggests Recombination between Yaws and Syphilis Strains
PLOS Neglected Tropical Diseases, rok: 2012, ročník: 6, vydání: 9, DOI