Informace o projektu
Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA

Informace

Projekt nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka projektu je na webu muni.cz.

Kód projektu

GA204/08/1212

Období řešení

1/2008 - 12/2010

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.

Klíčová slova

Buňky si kontrolují kvalitu biogeneze RNA v jádře pomocí specializovaných molekulárních strojů. Tyto stroje rozeznávají a degradují zbytky RNA které jsou bočním produktem při zpracování RNA. Tyto stroje ale také degradují špatně zpracované a vadné RNA molekuly. Tyto mechanismy buňce zajištují, že pouze vysoce kvalitní RNA je využita k syntéze proteinů a v ostatních buněčných procesech. Jeden z mechanismů kontroly kvality RNA využívá exosom a Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylační (TRAMP) komplex. Komplex zvanýTRAMP stimuluje aktivitu exosomu a rozeznává jeho substráty RNA. Budeme studovat jak komplex TRAMP identifikuje poškozenou RNA což je první a nezbytný krok k její degradaci. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii k řešení 3D struktur několika komplexů mezi RNA a proteiny které se účastní mechanismu kontroly kvality RNA. Získané strukturní a funkční informace o studovaných systémech pomohou rozluštit kód kterým buňky rozpoznávají a následně zničí poškozenou RNA.

Publikace

Počet publikací: 10

2011

1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II

KUBÍČEK Karel PASULKA Josef ČERNÁ Hana LÖHR Frank ŠTEFL Richard

Článek v odborném periodiku

Biomolecular NMR Assignments, rok: 2011, ročník: 5, vydání: 2, DOI
Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein

HÓBOR Fruzsina PERGOLI Roberto KUBÍČEK Karel HROŠŠOVÁ Dominika BAČÍKOVÁ Veronika ZIMMERMANN Michal PASULKA Josef HOFR Ctirad VAŇÁČOVÁ Štěpánka ŠTEFL Richard

Článek v odborném periodiku

The Journal of Biological Chemistry, rok: 2011, ročník: 286, vydání: 5, DOI

2010

(1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3.

PERGOLI Roberto KUBÍČEK Karel HÓBOR Fruzsina PASULKA Josef ŠTEFL Richard

Článek v odborném periodiku

Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 4, vydání: 1, DOI
1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9

SAŇUDO ARCE Maria JACKO Martin RAMMELT Christiane VAŇÁČOVÁ Štěpánka ŠTEFL Richard

Článek v odborném periodiku

Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 5, vydání: 1, DOI
The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive

PASULKA Josef KOČA Jaroslav ŠTEFL Richard

Konferenční abstrakty

Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove

ŠTEFL Richard OBERSTRASS Florian HOOD Jeniffer JOURDAN Muriel ZIMMERMANN Michal SKŘÍŠOVSKÁ Lenka MARIS Christophe PENG Li HOFR Ctirad EMESON Ronald ALLAIN Frederic

Článek v odborném periodiku

CELL, rok: 2010, ročník: 143, vydání: 2

2009

Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1

ČERNÁ Hana KUBÍČEK Karel ŠTEFL Richard

Konferenční abstrakty

Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
Structure and RNA binding of Nab3

HÓBOR Fruzsina KUBÍČEK Karel PASULKA Josef ŠTEFL Richard

Konferenční abstrakty

Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA

PASULKA Josef KOČA Jaroslav ŠTEFL Richard

Konferenční abstrakty

Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts

HÓBOR Fruzsina ČERNÁ Hana BAČÍKOVÁ Veronika PASULKA Josef KUBÍČEK Karel ŠTEFL Richard

Konferenční abstrakty

Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty